Die Finanzierung der Handelskammer Bozen erfolgt im Wesentlichen durch die Jahresgebühren der eingetragenen Unternehmen sowie durch die Sekretariatsgebühren für Dienstleistungen. Gemäß Autonomiestatut finden die Gebühren Anwendung, die auf Staatsebene festgestellt werden.

Darüber hinaus hat die Region Trentino-Südtirol in den letzten Jahren Beiträge zur Finanzierung besonderer Projekte gewährt.

Die vom Sonderbetrieb Institut für Wirtschaftsforschung durchgeführten Projekte werden vorwiegend durch Beiträge der interessierten Unternehmen und der Landesverwaltung finanziert.

Die Führungskosten werden hingegen durch Handelskammerbeiträge gedeckt.